产甲烷的常温古细菌和嗜热古细菌的代谢网络比对研究

【摘要】：生物网络比对是生物体的结构、功能和进化分析的重要研究手段.以从KEGG数据库获得的产甲烷的常温古细菌Methanosarcina acetivorans(M.acetivorans)和嗜热古细菌M ethanopyrus kandleri(M.kandleri)的代谢网络为对象,采用了网络比对算法M atching-based Integrative GRAph Aligner(M I-GRAAL)对它们的全局代谢网络以及hub模块网络进行了比对.比对结果表明采用度、聚集系数以及离心率三个度量参数相结合的网络比对结果明显优于其它度量参数的计算结果,且结果更稳定.同时发现常温产甲烷菌M.acetivorans的hub模块与嗜热产甲烷菌M.kandleri的hub模块相似代谢途径的拓扑基本一致,不相似的代谢网络中有81.8%以上的节点都在嗜热产甲烷菌M.kandleri的最紧密的7-核中,推测嗜热菌的耐热性可能与受到胞内酪氨酸的影响. 【作者单位】： 江南大学物联网工程学院;
【关键词】： 代谢网络 古细菌 产甲烷菌 网络比对 耐热性
【分类号】：Q935
【正文快照】： 1引言近些年来数百种生物的全基因组测序工作逐步完成,对基因功能也有了更深入和广泛的了解,因此在生命科学领域中,各种生物网络如代谢网络,基因调控网络以及信号转导网络等的研究受到越来越多学者的重视.这主要是因为人们深刻地认识到生物体中各组成成分如基因、蛋白质以及代

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